Al mismo tiempo, en África se estaba gestando uno de los imperios más grandes del continente: el Imperio songhai, que llegó a dominar todo el Sahel occidental y gran parte de lo que hoy es el Estado de Mali, con capital en la ciudad de Gao.
Las fechas que tradicionalmente se dan para el Imperio songhai comprenden los siglos XV y XVI, pero esto se refiere especialmente al cénit de su poder; investigaciones recientes sugieren que ya había un Estado songhai en torno a la ciudad de Gao en el siglo XI. El Imperio deriva su nombre de la etnia songhai, que todavía existen en el Sahel y es de mayoría musulmana, al igual que los líderes del Imperio, aunque también había comunidades que todavía mantenían las religiones ancestrales africanas. Políticamente, hubo dos dinastías principales que gobernaron el Imperio songhai: la dinastía Sonni (1464-1493) y la Askia (1493-1591). El Imperio songhai se gestó a la sombra de su vecino, el reino de Mali, que fue una potencia cultural y económica hasta el siglo XVI, cuando comenzó su declive y Gao se aprovechó de ello, fagocitándolo y asentando su propia hegemonía. Bajo el gobierno de los Sonni, el Imperio songhai alcanzó la cúspide de su esplendor y poderío cultural, político y económico, pero todo comenzó a cambiar cuando esta dinastía fue depuesta mediante un golpe de Estado por Mohamed Ture, más conocido como Askia o Mohamed I el Grande, uno de los generales del último emperador sonni. Aunque Mohamed I gobernó con bastante éxito, no se puede decir lo mismo de sus sucesores, que se enzarzaron en repetidas guerras sucesorias por el poder, lo que debilitó considerablemente al Imperio hasta que fue conquistado en 1591 por el sultanato saadí de Marruecos.
Gao fue la capital de Songhai, pero hubo más ciudades de gran importancia, como Djenné, que fue uno de los centros religiosos del imperio, o Tombuctú, también llamada «la ciudad de los 333 santos» por los mausoleos de los santos del islam que allí se encuentran; fue el centro cultural y espiritual del África occidental durante toda la Edad Moderna. La cultura del Imperio era una mezcla de tradiciones autóctonas y de preceptos islámicos, aunque la ley sí que estaba basada en la sharía musulmana. Al igual que muchos reinos e imperios coetáneos, la economía songhai dependía en gran medida del comercio de esclavos, tanto para trabajar dentro del Imperio como para ser vendidos a los europeos.
El Imperio songhai fue una potencia en su tiempo y fue clave a la hora de dar forma a la política y a la cultura africanas de la Edad Moderna; uno de tantos imperios que a los europeos nos resultan desconocidos y que deberíamos conocer para comprender mejor un continente con una historia y una cultura riquísimas.