El Shinsengumi, una fuerza policial especial leal al shogunato Tokugawa, tradicionalmente considerados «los últimos samuráis», lucharon a sangre y fuego hasta el final para no desaparecer.
La imagen del Shinsengumi ha sido enormemente romantizada por el Japón actual, hasta el punto de ser personajes recurrentes en cómics y series de temática romántica, pero la realidad distaba mucho de esta visión idealizada. Los miembros del Shinsegumi eran rônin, samuráis sin amo, que profesaban una tremenda lealtad al shôgun (el líder militar del país) y estaban totalmente en contra de todos aquellos que quisieran socavar la autoridad del shogunato, como los clanes de Chôshû y Satsuma; los primeros se adherían al lema sonnô jôi (‘reverenciar al emperador, expulsar a los extranjeros’), por lo que estaban totalmente en contra de la apertura del país al exterior. El Shinsengumi llegó a tener alrededor de 300 miembros y se convirtió en el brazo armado del moribundo shogunato en la antigua capital imperial de Kioto.
El incidente por el que más conocidos son es el ocurrido en la posada Ikeda-ya de Kioto. Los miembros de la facción sonnô jôi habían estado usando el Ikeda-ya como lugar de encuentro para conspirar contra el shogunato, pero el Shinsengumi logró detener a uno de sus miembros, Furutaka Shuntarô, y, tras torturarlo de manera tremendamente violenta, este les dio toda la información que necesitaban para actuar contra la camarilla de conspiradores. Con la excusa de que los sonnô jôi pretendían prenderle fuego a la ciudad, unos treinta guerreros del Shinsengumi irrumpieron en el Ikeda-ya y se batieron en sangriento combate con los hombres de Chôshû y Satsuma. La refriega se saldó con una victoria absoluta del Shinsengumi (aunque varios de sus hombres fueron heridos) y ocho muertos del otro bando. Este incidente no solo probó de forma definitiva la fuerza armada del Shinsengumi, sino también su control sobre todo Kioto y su amplia red de espionaje.
En 1867, el último shôgun, Tokugawa Yoshinobu, abdicó, comenzando las Guerras Boshin por la restauración del shogunato, y el Shinsegumi fue una de las principales fuerzas que luchó por el shôgun, pero poco a poco este fue perdiendo fuerza y los rebeldes tuvieron que retroceder, hasta el punto de establecerse en la isla de Hokkaidô, al norte del archipiélago japonés, donde se formó la República de Ezo, un reducto de rebeldes contrarios a las nuevas fuerzas aperturistas, donde Hijikata Toshizô, el último comandante del Shinsegumi, fue abatido a tiros el 20 de junio de 1869, acabando de forma efectiva con el Shinsegumi y con el shogunato Tokugawa.
Tras la caída del shogunato, Japón se convirtió en una potencia económica, política y cultural, que se desarrolló a una velocidad de vértigo hasta llegar a la Segunda Guerra Mundial. Con Hijikata Toshizô murió el Shinsengumi, pero la leyenda de los samuráis sigue muy viva.
